巫山县科学技术局办公室。负责文电、会务、机要、档案、值班、接待和车辆管理等机关日常运转工作；负责机关及所属事业单位的机构编制、干部人事、社会保障和退休人员管理等工作；承担综合文稿起草、交办督办、宣传、党建、安全保密、政务公开和来信来访人大政协提案办理等工作；负责机关财务、后勤服务、科技经费、资产管理和所属事业单位财务监管等工作；承担机关及所属事业单位党风廉政建设工作。
    巫山县科学技术局综合科。拟订科技创新发展战略、规划并协调实施，负责推进科技体制改革工作，牵头拟订巫山科技创新政策措施。承担县级财政科技计划（专项、基金等）经费配置工作，指导项目管理专业机构建设，实施科技报告制度。负责科技监督评价体系建设和科技评估管理相关工作，承担科研诚信建设工作。牵头组织重点实验室建设，推动科技资源开放共享。承担技术转移体系工作，提出科技成果转移转化及产业化、促进产学研深度融合、科技知识产权创造的相关政策措施。负责推进县域科技创新体系建设，协调县域科技创新合作与特色发展。负责科普宣传教育、科技统计、科技信息、科技对外交流合作、科技创新考核等科技业务工作。组织对外科技合作与科技人才交流工作。负责全县外国专家工作。负责防震减灾监测、示范校创建、台站建设管理等工作。
    巫山县科学技术局发展科。拟订科技促进特色生态工业、特色生态农业农村发展、社会发展领域科技创新的规划和政策，提出重大任务并组织实施，推动重大关键技术攻关。促进产业生态化、生态产业化，推动生态优先、绿色发展工作。牵头负责科技精准扶贫工作，实施乡村振兴建设，承担科技特派员服务、科技下乡等工作。负责高新技术企业、科技型企业培育，负责相关领域科技创新研发平台、基地规划布局并组织实施，指导企业孵化器等建设。